寺庙振兴跃居成都大丛林
明崇祯末年（1644年）张献忠入蜀，马祖寺禅宇被焚毁，仅存金刚一殿，独脚一坊。清顺治十年（1653年），焰虚灯和尚（法号静公大禅师）重修寺宇，逐渐恢复马祖禅院。继后由其弟子醉月和尚主持寺务达十五年。康熙十年（1671年），清代灌县第一位知县马玑成为马祖寺大护法。在马玑鼓励下，醉月和尚开始修葺大雄宝殿、经楼、斋堂、僧众宿舍、走廊、仓库和其它一些房屋，寺景为之一振。醉月圆寂后，照识归主马祖寺。
照识乃焰虚灯法师晚年弟子，法号雪平禅师，才敏过人，堪付大任，曾入昭觉寺深造。康熙十六年（1677年）作大雄宝殿内中佛，次年作左右二佛。
康熙三十一年（1692年），灌县派员查验马祖寺田界，焰虚灯出寺条粮银五两余（合有粮田约五百亩）。雍正七年（1729年）奉命委员丈量寺田，焰虚灯出寺条粮银十两余。嗣后马祖寺共买田一千余亩，载粮十四两二钱八分，庙产日渐增多。
乾隆年间，欲仁大师主持寺事，此僧博通儒家、佛教的道理，结社讲经，所著佛门语录，多为世人争相传诵。马祖寺一跃而为川西著名大丛林（一说为“川西四大丛林”之一）。
嘉庆时（1796-1820年），庙内景况日渐衰落，连香烛之资也时虑空乏，后有慧眼法师重整寺业，寺貌为之一新。光绪初年失火，经楼、方丈室俱焚，所藏经典半数化为灰烬。后因寺内方丈几经更换，寺事不治，支收不付，前后负债达二千余金。赖静峰禅师苦力经营，谋于市众，求助于乡绅耆老，始禀告县主李公，于林中无碍处，择售柏树六十棵，偿还债务，修理经楼、方丈室，尚余金三百，赎回田二段，至此，寺无残败之貌，僧享平安之乐。
史载，原寺内寺外有古迹二十四处：马祖灵骨塔、拜月台、独脚坊、承天塔、焰虚塔、迎圣桥、降龙桥、罗汉坟、古风X、古铁船、墨米坪、浸牟碑、伏龙寺、青龙坞、藏经楼、白虎墩、迎春泉、郭明钟、古孤松、笔架树、银杏树、擂鼓坪、红豆树、凤凰卵。
由于庙古，名胜、碑文撰记颇多，现仅存于都江堰市文物局的有古碑四通：《马祖寺碑》，清代徐涵撰，杨化南以篆体敬书，碑高四尺六寸、宽二尺五寸；《重建马祖寺碑》，清康熙十一年邑令范永X撰；《马祖寺塔碑》，清乾隆间邑人刘密撰，其子哲荫书，体兼行楷，大径寸，颇有力，碑高九尺、宽七尺；《马祖寺源流记》，清光绪十三年邑廪彭洵撰书，书法似赵松雪，苍劲有力，落落大方。
衰落
民国八年（1919年），维瑞继任方丈，军阀屡征寺田，豪霸强索其款，寺况渐趋破败，僧众由百余人减至几十人。其后佛坤勉主寺务，力薄能鲜，寺景再次衰落。
民国二十九年（1940年）秋，灌县第三区指导员周士宝开创私立临江中学（原校址在石羊），将校舍迁入寺内，占据部分房屋作课堂、宿舍、厨房。次年春，又增设简易师范，原临江中学改为附设中学，此时寺庙主寺者印宽和尚不务正业，寺产倾荡，经济极端困难，寺院则外实而内虚，直到解放。
建国后，马祖寺划为地主，僧众除年迈体衰剩下八、九人外，其余均还俗。留者又相继去世，到改革开放时的上世纪八十年代初已无僧侣。寺内学校未变，1952年曾改名石羊初级中学，次年改称灌县第二初级中学，因学生人数逐年增多，扩大校舍，神像逐渐被毁，只剩大雄宝殿三尊大佛。1966年文化大革命开始后，大搞“破四旧，立四新”，同年秋，三尊大佛全被捣毁。房上雕梁画栋及古籍文物通称“四旧”，一并毁掉。至1985年，寺内所存房屋无多，仅存后院汉缸一口，银杏一株，树大五围，其原有之宽广林园已辟为良田，而马祖寺这一历史悠久之名胜无复再观。
目前的马祖寺古银杏犹存，现存清康熙八年(1699年)重建的马祖寺大殿为木结构歇山式穿斗梁架，座北向南，面阔五间二十四米，进深三间十四米，通高十米。寺内存清嘉庆石碑一通，高一点三四米、宽一点零四米。建筑保存完好。2013年9月28日，马祖寺大殿被列入成都市级文物保护单位。 （下）
